Jednostki samorządu terytorialnego przeprowadziły centralizację rozliczeń podatku VAT, realizując w ten sposób obowiązek nałożony przez ustawodawcę. Popełniły jednak po drodze sporo błędów. Wpływ na to miały głównie skomplikowane i niejednoznaczne przepisy prawa oraz niejednolite orzecznictwo w sprawach podatkowych.
Aktywność jednostek samorządu terytorialnego odbywa się głównie w sferze prawa publicznego, lecz pozostają one również podmiotem aktywnym w obszarze stosunków cywilnoprawnych. Nabywają i same wykonują różnego rodzaju dostawy i usługi, prowadząc działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy o podatku od towarów i usług (ustawy o VAT) z 2004 r.
Przez wiele lat gminy oraz samorządowe jednostki budżetowe rejestrowały się i rozliczały jako odrębni podatnicy VAT. O zmianie dotychczasowej praktyki traktowania jednostek organizacyjnych samorządów na gruncie VAT przesądził wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (TSUE) z 2015 r. Zgodnie z nim podmioty prawa publicznego, takie jak gminne jednostki budżetowe, nie mogą być uznane za podatników VAT, ponieważ nie spełniają kryterium samodzielności, o którym mowa w Rady Europejskiej z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej.Uwzględniająca te okoliczności ustawa o centralizacji VATw Polsce weszła w życie 1 października 2016 r., formułując bezwzględny obowiązek scentralizowania rozliczeń VAT w samorządach najpóźniej do 1 stycznia 2017 r. Centralizacja ta objęła utworzone przez samorząd terytorialny jednostki budżetowe, zakłady budżetowe oraz urzędy gmin, starostwa powiatowe i urzędy marszałkowskie. Ustawa ta nie zawierała przepisów, które określałyby sposób dokonania tej centralizacji. Jej celem miało być uczynienie z danej jednostki samorządu terytorialnego oraz jej jednostek organizacyjnych jednego podatnika VAT, składającego jedną deklarację VAT i jeden plik JPK_VAT oraz posiadającego jeden NIP.
Najwyższa Izba Kontroli przeprowadziła kontrolę tego procesu. Kontrolą objęła siedem miast oraz siedem starostw powiatowych w latach 2016-2019.
Wdrożenie centralizacji VAT
Skontrolowane samorządy, z wyjątkiem Poznania, rozpoczęły scentralizowane rozliczanie VAT od 1 stycznia 2017 r. Poznań pełną centralizację rozliczeń VAT rozpoczął od 1 stycznia 2016 r., a rozwiązanie to było również dopuszczane przez ustawę. Centralizacją rozliczeń VAT objęto wszystkie właściwe samorządowe jednostki organizacyjne. Scentralizowane rozliczanie VAT odbywało się w urzędach miast i starostwach powiatowych, w wyznaczonych komórkach organizacyjnych odpowiedzialnych za wykonywanie zadań związanych z centralizacją rozliczeń VAT. Liczba scentralizowanych samorządowych jednostek organizacyjnych w miastach wahała się od 193 (Urząd Miasta Katowice) do 406 (Urząd Miasta Łodzi), natomiast w powiatach: od ośmiu (Starostwo Powiatowe w Nowym Dworze Gdańskim) do 32 (Starostwo Powiatowe w Kłodzku).
Samorządy zaplanowały z odpowiednim wyprzedzeniem działania w celu przygotowania procesu centralizacji rozliczeń VAT. Nie odbyło się to jednak w sposób należyty. Dziewięć samorządów zleciło przygotowanie procedur w zakresie centralizacji rozliczeń VAT zewnętrznym kancelariom doradztwa prawnego i podatkowego, pomimo że posiadały w tym zakresie własne zasoby. Wypłacono im za te zadania 666,9 tys. zł. W związku z rozpoczęciem tego procesu wydatkowano również 1 465,7 tys. zł na zakup dedykowanego oprogramowania informatycznego oraz 141,4 tys. zł na szkolenia, konsultacje i zakup publikacji fachowych. Samorządy ponosiły również wydatki na utrzymanie oprogramowania informatycznego wspierającego proces centralizacji rozliczeń VAT, obejmującego aktualizacje, licencje, usługi wsparcia i asysty technicznej, w łącznej wysokości 1 008,3 tys. zł. Siedem samorządów ponosiło także w latach 2017-2019, czyli po wdrożeniu centralizacji, wydatki na usługi doradztwa podatkowego w łącznej wysokości 874,2 tys. zł.
Zaplanowane przez samorządy działania związane z przygotowaniem i wdrożeniem procesu centralizacji rozliczeń VAT zostały wykonane w całości i terminowo, z wyjątkiem działań podjętych w Urzędzie Miasta Łodzi. W jednostce tej zadania polegające na wdrożeniu metody proporcjonalnego odliczania VAT przy zastosowaniu prewspółczynnika i współczynnika (w przypadku towarów i usług służących zarówno do działalności opodatkowanej VAT, jak i do działalności niepodlegającej opodatkowaniu oraz zwolnionej z VAT) nie zostały zrealizowane zgodnie z harmonogramem, tj. do 31 października 2016 r. W konsekwencji 196 miejskich jednostek organizacyjnych nie stosowało w 2017 r. metody proporcjonalnego odliczenia VAT, pomimo że było do tego zobowiązanych na podstawie przepisów ustawyo VAT i regulacji wewnętrznych w tym zakresie.
Samorządy przeprowadziły w latach 2016-2019 (III kwartał) łącznie 129 postępowań o udzielenie zamówienia publicznego na dostawy i usługi związane z procesem centralizacji rozliczeń VAT. W ich wyniku podpisano umowy na łączną kwotę 4 370,7 tys. zł. Z tego tylko trzy postępowania na kwotę 1 444,5 tys. zł przeprowadzono na podstawie przepisów ustawy z dnia 29 stycznia 2004 r. Prawo zamówień publicznych. Ujawniono nieprawidłowości w czterech postępowaniach (12,9 proc. skontrolowanych), przeprowadzanych przez trzy jednostki samorządu, o łącznej wartości 338,8 tys. zł (13,2 proc. wartości skontrolowanych postępowań).